Certains acheteurs ont un recours abusif aux pénalités : ils les appliquent de manière systématique et purement mathématique, sans s’assurer qu’elles sont proportionnées à l’objet du marché et à ses conditions d’exécution. Or, un tel cumul de sommes réclamées au titulaire peut avoir de graves conséquences sur l’économie de l’entreprise titulaire et l’exécution du marché.
Les acheteurs, qui doivent également avoir recours aux points d’étapes et au dialogue avec leur titulaire pour prévenir toute difficulté d’exécution, peuvent renoncer à l’application des pénalités, totalement ou partiellement.
Le juge administratif peut quant à lui contrôler si l’application des pénalités est justifiée ; il accepte aussi d'exercer un contrôle sur le montant des pénalités de retard et de moduler les sommes contractuellement dues si elles sont manifestement excessives au regard du montant du marché. Ainsi, le juge réduit les pénalités lorsque leur montant représente une somme supérieure à celle des prestations fournies dans le cadre du marché, ou à celle du montant global définitif du marché.
